Existen dos protocolos principales para la recepción del correo: POP3 e IMAP.

Mediante el protocolo POP3 se accede con un cliente de correo al servidor para realizar una descarga de los mensajes que están almacenados en el buzón de correo del usuario. Generalmente, salvo que se haya configurado manualmente lo contrario, el cliente de correo copiará todos los mensajes de esa cuenta en el PC del usuario y luego se borrarán del servidor. Esto implica que, si acto seguido, UD quiere acceder a esos mismos correos que acaba de descargar desde otra ubicación, no podrá leerlos.

Este protocolo no permite trabajar con carpetas. Pero al descargarse todo el correo en el PC, el usuario puede consultar esos correos sin necesidad de estar posteriormente conectado a Internet (si es necesario establecer conexión a Internet para realizar la descarga)

El protocolo IMAP está diseñado para poder trabajar desde varias ubicaciones, e incluso por parte de varios usuarios de correo contra la misma cuenta. Este protocolo permite trabajar con carpetas.
Cuando se trabaja con una cuenta de IMAP el correo no es borrado del servidor. Para que un mensaje de una cuenta de correo IMAP se borre del servidor es necesario que desde el cliente de correo se borre ese mensaje. Algunos clientes de correo como outlook necesitarán además que este paso se realice dos veces (primero aparecerá el mensaje como tachado o se moverá a la carpeta de eliminados)
La desventaja es que, una vez borrado un mail desde el cliente de correo (como outlook etc.) ya no existirá copia del mismo, pues se borra también en el servidor. Por otro lado, al no borrarse los emails del servidor  cada vez que se accede a la cuenta (como ocurre con POP3) el riesgo de que el buzón de correo se llene y alcance el límite de tamaño establecido es muy alto.

El protocolo IMAP es el que se usa generalmente para el acceso por Webmail, mientras que el POP3 es el más usado habitualmente para las cuentas configuradas en clientes de correo como Outlook, salvo que se necesite específicamente IMAP.